Caracterización bioquímica, genética, regulatoria y funcional de lipopéptidos en la rizobacteria biocontrol Pseudomonas protegens CHA0
Resumen
La siguiente tesis se enfoca en el estudio de la regulación y expresión de lipopéptidos en rizobacteria Pseudomonas protegens CHA0. Las orfamidas en particular, son lipopéptidos cíclicos responsables de diversos fenotipos como el biocontrol y la motilidad por swarming entre otros. En este trabajo se describen dos genes que están regulados postranscripcionalmente por la cascada Gac-Rsm, que a su vez están catalogados como posibles reguladores transcripcionales. Se proponen ambos genes como activadores del cluster biosintético de orfamidas, siendo así el vínculo regulatorio entre la cascada Gac-Rsm y la expresión de orfamidas en CHA0. Complementariamente se estudió el impacto de las orfamidas en la competitividad en la colonización radicular en trigo.
A partir de los trabajos realizados con el objetivo de identificar los lipopéptidos producidos por P. protegens CHA0, se decidió ampliar el análisis estudiando metabolitos secundarios similares en aislamientos de Pseudomonas no caracterizados. El estudio de metabolitos especializados bacterianos propone un desafío significativo, ya que no existe un flujo de trabajo único y establecido. En este trabajo se propone la aplicación del estudio de metabolitos tipo lipopéptidos a partir de espectrometría de masas en tándem, acoplado al análisis por redes moleculares.
Por último, y con el objetivo de profundizar la caracterización de nuevos aislamientos, se decidió desarrollar una metodología para la búsqueda de los mejores marcadores taxonómicos para realizar filiación genética por análisis multi locus de secuencia (MLSA) para el género Pseudomonas. A partir de la secuencia de un concatenado de tres regiones internas de genes conservados de aproximadamente 850pb, se logró obtener una discriminación filogenética similar a la obtenida por la metodología hoy aceptada como gold estándar, el análisis de identidad promedio de nucleótido (ANI).